マイナンバーカードを使用して本人確認を行いたいが、「暗証番号で申し込む」と「暗証番号をつかわずに申し込む」は申し込み方法以外に違いはありますか。

審査完了までの所要時間が異なります。

「暗証番号をつかわずに申し込む」から申し込まれた場合
審査完了までに3日程度お時間をいただきます。
「暗証番号で申し込む」から申し込まれた場合
審査が即時完了します。
本人確認書類や顔写真を撮影することなく、マイナンバーカードをスマートフォンにかざすことで本人確認が完了します。詳細はこちら

なお、「暗証番号で申し込む」を行うにはNFC対応端末である必要があり、非対応端末のお客さまが選択された場合には本人確認方法が自動で「暗証番号をつかわずに申し込む」に変更されます。
NFC対応端末について、こちらで対応機種をご確認ください。