下記違いがあります。
1.Amazonアカウントとdアカウントを連携してdポイントを利用する
決済の都度、利用するポイント数を選択することができます。
また、d払い以外、クレジットカードなどをご利用する際にも、dポイントの利用が可能です。
アカウント連携については、下記ページをご参照ください。
2.d払いのポイント事前設定をする
一度dアカウント上で設定を完了させると、次回以降Amazonでd払いを利用する際はポイントがすべて利用されます。
なお、d払い以外の決済手段を利用する場合には、ポイントは利用されません。
d払いでのポイント利用設定については下記ページをご参照ください。