Amazonとのdアカウント連携を解除したのに、d払いで支払えてしまうのはなぜですか。

「dアカウント連携（ポイントをためる・つかう設定）」と「支払い方法の登録」は別の設定です。
連携を解除しても、Amazonの支払い方法にd払いが残っていると引き続きd払い決済可能となります。
Amazonサイト内の「お客様の支払い方法」からd払いを削除してください。