Amazonでd払いで決済する際、利用するdポイントは自由に決められますか。

自由に決めることはできません。
ただし、Amazonアカウントとdアカウントを連携されている場合は、Amazonの決済画面の「ギフト券、商品券、プロモーションコードを使用する」よりdポイントを充当する事が可能です。アカウント連携については、こちらをご確認ください。